Действие начинается через 11 дней после конца первой части игры. Оказывается, в первой части злого Джафара мы не добили, и он выжил благодаря своей магии. Внешне он стал двойником Принца и изменил внешность настоящего Принца, которому приходится пуститься в бега. Султан снова уходит на войну, и Джафар захватывает власть в Персии. Принцесса тяжело заболевает, и Принцу нужно вернуть как можно скорее свой прежний облик и свергнуть самозванца-Джафара.